Das HPC.NRW-Leitungsgremium besteht aus vier gewählten Vertreter*innen der Projektmitglieder, unter denen mindestens ein Tier-2-Standort vertreten ist. Die RWTH Aachen University ist als Konsortialführung festes Mitglied. Neben den fünf stimmberechtigten Mitgliedern gehören auch die vier Koordinator*innen der Arbeitspakete (ohne Stimmrecht) dazu. Das Gremium leitet das Gesamtprojekt, koordiniert Änderungen an Struktur und Aufgaben der Arbeitspakete sowie die Mittelverwendung mit der AG HPC. Es vertritt das Kompetenznetzwerk in DH.NRW-Gremien, bereitet interne und externe Evaluierungen vor und führt diese durch. Zugleich dient das Organ als Eskalationsinstanz bei nicht getroffenen Entscheidungen im Konsortium.